前列腺癌是男性泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤之一,已成为危害我国中老年男性的重要疾病。前列腺癌是一种临床异质性疾病,通常通过直肠指诊筛查和定量血清前列腺特异性抗原(PSA)水平进行诊断。在形态学方面,Gleason评分系统被认为是最可靠和最具预测性的组织学评分系统。前列腺癌患者间的基因组异质性已被医学界所公认,然而,通过预测基因组生物标志物的分子分层来指导前列腺癌治疗方案的选择,仍然是一个未得到满足的临床需求。
随着高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,比如TheCancerGenomeAtlas(TCGA)、NCBI基因表达综合数据库(GEO)等。这些数据库的整合为前列腺癌基因组学研究提供了前所未有的机会。然而,来自不同技术平台的大量多组学数据使得执行数据探索、分析和可视化变得越来越具有挑战性,特别是对于没有计算背景的科学家和临床医生而言,这一瓶颈尤为凸显。因此,迫切需要建立一个用户友好的集成数据库,对前列腺癌研究中的大数据进行检索、整合和分析。
年1月25日,医院的*晓波课题组,联合马里兰大学医学院张鹏课题组,在JournalofMolecularCellBiology(JMCB)杂志发表了题为“IPPC:aninteractiveplatformforprostatecancermulti-omicsdataintegrationandanalysis”的工作。文章的第一作医院的叶雄俊博士和苏州系统医学研究所的彭福*博士。精准医学信息化专业厂商北京携云基因科技有限公司,提供了软件平台的开发工作。
本研究通过对多种数据资源的多组学数据进行梳理,并整合定制的分析工具,开发了一个名为IPPC(InteractivePlatformforProstateCancer)的交互平台,以单个基因为中心,提供突变谱、生存概率、基因表达、共表达、免疫浸润、miRNA-靶基因关联、单细胞测序分析等功能。IPPCweb-server允许跨基因、样本和数据类型的分析和可视化,将促进前列腺癌多维基因组学数据的探索。
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